El Sistema Municipal Anticorrupción es el órgano que por Ley tiene la responsabilidad del combate a la corrupción en el municipio de San Juan de los Lagos.

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1. El Comité Municipal Anticorrupción (CMA)

2. El Órgano Interno de Control Municipal (OIC)

3. El Comité de Participación Ciudadana (CPS)

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Su trabajo es Implementar las políticas públicas anticorrupción, la prevención y vigilancia con metodologías e indicadores de evaluación para garantizar su funcionamiento, y facilitar los mecanismos a los ciudadanos para que participen en la prevención y la denuncia.

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Es lograr mejores servicios públicos y que el dinero y los recursos no se pierdan, para eso se diseña la estrategia anticorrupción basada en la capacitación, concientización y compromiso de los funcionarios públicos para ofrecer un servicio público de calidad, actuando con valores éticos y morales.

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Actualmente se implementa en 7 áreas del Ayuntamiento una capacitación para alcanzar la certificación ISO 9001 de Calidad en el Servicio y la ISO 37001 Antisoborno, se cuenta con un Código de Ética, un Decálogo de principios éticos y directrices para la actuación de los Servidores Públicos, así como un sistema de Denuncia eficiente al alcance de los Ciudadanos para su valiosa participación.